Ответ:
Если подпол не нужен то конечно лучше засыпать, чем выбирать вам, я бы засыпал песком и поверх песка насыпал 8-10 см. керамзита а на керамзит цементную стяжку, уже на стяжку можно и линолеум и ламинат и плитку, выбор за вами. Оставлять яму и поверх старых гнилых досок класть новые нельзя, сгниют очень быстро, прослужит три — пять лет максимум.
Во-первых нужно сделать водоотвод или дренажную канаву вокруг домика. Иначе вы не избавитесь от сырости. Потм канаву можно засыпать щебнем. Или проложить дренажные трубы. А во-вторых полы нужно ложить по лагам из досок на бетонные столбики. Полметра подполья им не повредят. И нужно следить, чтобы в подполье не оставалось никакого песка. Он натягивает влагу. И тогда начнут гнить не только полы, но и стены. Весь песок убрать. И при необходимости, засыпать утрамбованную глину.