Монтажная пена бетон может и не порвет, а вот алюминиевые профили — наверняка. Маяки нужно выдирать из стяжки, чтобы не получилось эффекта, который Вы описали. Обычно это делается когда стяжка немного схватится, а полученные углубления заделываются свежей смесью.
По правилам проведения работ, при изготовлении стяжки, необходимо обязательно вынимать маяки еще до полного высыхания стяжки, а вернее через несколько дней после завершения работ по выравниванию пола. Далее оставшиеся пустоты от маяков обязательно грунтуются и замазываются тем же составом — строительной смесью, которая применялась для стяжки (к примеру ветонит). Кстати, под стяжку можно было постелить специальным шумоизолирующий материал, и тогда бы Ваши соседи ничего не услышали бы. Материал этот называется — шумопласт, или иной материал в плитах толщиной по десять миллиметров. Так же не стоит забывать и о демпферной ленте, которая крепится вдоль стен. Кстати, такая лента тоже может быть из шумо — поглощающего материала.